Theo báo cáo của Bộ Y tế về Quy hoạch mạng lưới cơ sở y tế thời kỳ 2021 – 2030, tầm nhìn 2050, sẽ giữ nguyên mô hình tổ chức các Viện kiểm nghiệm quốc gia, giữ vai trò đơn vị đầu ngành trong từng lĩnh vực, bao gồm 5 đơn vị kiểm nghiệm, kiểm định, kiểm chuẩn được phẩm, mỹ phẩm, thực phẩm, thiết bị y tế là: Viện Kiểm nghiệm thuốc Trung ương, Viện Kiểm nghiệm thuốc TPHCM, Viện Kiểm nghiệm định Quốc gia vắcxin và sinh phẩm y tế, Viện Kiểm nghiệm An toàn vệ sinh thực phẩm quốc gia, Viện Trang thiết bị và Công trình y tế.
Đầu tư nâng cấp các viện chuyên ngành thuộc lĩnh vực kiểm nghiệm, kiểm định, kiểm chuẩn, phát triển hệ thống phòng thí nghiệm tham chiếu để trở thành đơn vị hàng đầu trong đánh giá nguy cơ, đơn vị trọng tài và hỗ trợ kỹ thuật cho các phòng thí nghiệm tuyến dưới...
Trước đó, Tổ chức Y tế thế giới (WHO) đánh giá hệ thống kiểm nghiệm Việt Nam có số lượng đơn vị quá nhiều, nhân lực, trang thiết bị, kinh phí lớn nhưng hiệu quả hoạt động chưa cao.
Cụ thể, thực trạng các cơ sở kiểm nghiệm thực phẩm tuyến trung ương gồm 1 Viện quốc gia là Viện Kiểm nghiệm an toàn thực phẩm quốc gia và và 4 Viện khu vực gồm Viện Dinh dưỡng quốc gia, Viện Pasteur Nha Trang, Viện Vệ sinh dịch tễ Tây Nguyên, Viện Y tế công cộng TP. HCM. Trong đó, 3 đơn vị được chỉ định cơ sở kiểm nghiệm kiểm chứng là Viện Kiểm nghiệm an toàn thực phẩm quốc gia, Viện Dinh dưỡng quốc gia, Viện Y tế công cộng TP. HCM.
Tại các tỉnh, chức năng kiểm nghiệm thực phẩm được giao cho Trung Kiểm nghiệm thuốc, mỹ phẩm, thực phẩm hoặc CDC tỉnh.
Chức năng kiểm nghiệm thực phẩm phục vụ quản lý nhà nước do các cơ sở công lập và tư nhân; ngành y tế và ngành khác thực hiện. Tính đến năm 2022, có 22/51 cơ sở kiểm nghiệm thuộc ngành y tế được chỉ định kiểm nghiệm phục vụ quản lý nhà nước về an toàn thực phẩm, trong đó bao gồm: 1 Viện Kiểm nghiệm an toàn vệ sinh thực phẩm Quốc gia; 5 Viện chuyên ngành; 9 CDC các tỉnh/thành phố; 7 Trung tâm kiểm nghiệm thuốc, mỹ phẩm, thực phẩm các tỉnh, thành phố.
Như vậy, việc có nhiều đầu mối khác nhau thực hiện chức năng kiểm nghiệm an toàn thực phẩm đã gây tình trạng chồng chéo và có sự phân tán nguồn lực đầu tư.
